Alex, Marty, Gloria, Melman, i Pinguini, i Lemuri e le Scimmie già protagonisti dei primi due film, ripartono dall'Africa, dove si erano stabiliti, e riescono ad arrivare in Europa, cercando però sempre di tornare nel loro zoo di New York. Dopo aver visitato Monte Carlo ed essere sfuggiti alla polizia locale, gli animali si aggregano ad un circo che li condurrà in giro per l'Europa, visitando così altri paesi quali l'Italia. Tutto questo mentre sono ricercati a livello continentale da poliziotti e guardia-caccia. Nuovi animali saranno: Vitali la tigre, Gia il giaguaro e Stefano il leone marino.
