Il più famoso è Emule, però ultimamente è fallito xD
Io personalmente ti consiglio Vuze
Vuze, noto come Azureus fino alla versione 2, è un client BitTorrent scritto in Java sotto licenza GNU GPL. È disponibile per GNU/Linux, Mac OS X, Microsoft Windows, Solaris e Linux. Il linguaggio Java permette di realizzare applicazioni indipendenti dalla piattaforma, quale è il sistema operativo.