Cody e Bailey progettano le loro vacanze di primavera, ma Cody non può perché deve fare un internato presso il Dr. Spaulding per guadagnare una borsa di studio affinché possa studiare all'università di Yale, me questo ragazzo non ha il coraggio di dire a Bailey che non potrà fare le vacanze di primavera con lei. Intanto Zack, il fratello gemello di Cody, chiede a quest'ultimo di prestargli l'automobile e lui risponde di no. Cody decide di raccontare il tutto attraverso una lettera, ma a causa di un litigio col fratello perde la lettera e lui è costretto a spiegargli tutto, in seguito mentre Bailey è intenta ad organizzare le vacanze di primavera, Cody cerca di spiegargli che dovrà fare l'internato e che non potrà partecipare alle vacanze, ad un certo punto appare Zack e dice a Bailey il tutto, provocando un litigio tra il fratello e la sua ragazza. Bailey è molto arrabbiata con Cody perché non sa che lui partecipa all'internato per avere una borsa di studio. Cody, parte per l'internato, e, arrivato lì scopre che Zack è partito con lui segretamente; mentre Cody conosce il Dr. Spaulding, Zack rompe i sommergibili provocando la cacciata di suo fratello. Affiché il talento di Cody non sia sprecato, il Dr. Spaulding decide di mandare questo ragazzo in un centro di sperimentazione per gemelli il Gemini Project, a condizione che lui porti con sé Zack. Questo centro di sperimentazione, appartenente a un certo Dr. Olsen, si trova in una zona di montagna, la sperimentazione sui gemelli viene fatta attraverso varie fasi: la Fase 1 e la Fase 2 affinché i gemelli abbiano le stesse emozioni e le fasi 3 e 4 affinché i gemelli si uniscano e si abbia un alveare di cervelli. Nel frattempo nella nave S.S. Tipton, Bailey trova la lettera indirizzata a lei che Cody le aveva scritto prima della partenza e lì capisce il motivo del suo internato. Intato Zack e Cody entrano in sintonia perché grazie al frutto della Corsica dato dal Dr. Olsen capiscono molte cose l'uno dell'altro, dopo i due gemelli vanno a sapere delle fasi 3 e 4 e così tentano di fuggire, ma vengono scoperti. Bailey, insieme a London e Woody vanno dal Dr. Spaulding per avere informazioni su Cody, ma dopo si scopre che i due gemelli sono in un centro di sperimentazione illegale. Mentre il Dr. Olsen cerca di applicare le fasi 3 e 4 sui gemelli, arrivano il Dr. Spaulding con Bailey, London e Woody, e vengono salvati, dopo si scopre che il Dr. Olsen è il fratello gemello del Dr. Spaulding. Inoltre, Zack e Cody danno il frutto della corsica ad entrambi gli scienziati,che cominciano ad andare d'accordo.