In un lontano futuro l'universo è dominato da 3 razze: i Terran, cittadini di un enorme impero galattico che spazia per migliaia di mondi dominati dal despota Arcturus Mengsk, gli Zerg, orribili mostri in grado di evolversi ed adattarsi ad una velocità sorprendente e di assimilare interi pianeti, controllati dalla regina delle lame Sarah Kerrigan, e i Protoss, avanzatissimi alieni divisi in caste, dotati di tecnologie avanzatissime e di un forte senso dell'onore. Starcraft 2: Wings of Liberty è il primo capitolo di una già annunciata trilogia. Contrariamente al predecessore, dove la campagna principale copriva le storie di tutte e tre le specie, questa volta vestirete solamente i panni di Jim Raynor (affiancato durante la sua odissea dal carismatico Marine Tychus e da svariate facce nuove) e dei suoi soldati, i Randagi. Raynor è uno dei personaggi principali della serie, eroe rispettato anche dai Protoss, ribelle forgiato da mille battaglie e acerrimo nemico di Arcturus Mengsk . L'imperatore è colpevole di aver abbandonato Kerrigan alla merce degli Zerg, donna a cui Jim era molto legato quando era ancora umana, rendendosi responsabile della sua trasformazione nel mostro che ora controlla lo sciame Zerg.
E da qui nasce una grande guerra contro Mengsk e gli alieni.